根部的基地。
这里阴暗，干燥，有着繁多的密道，平时会有根部的忍者从密道之中进出和加以看守，封印。
但今天，根部的成员直接死了一半，加上外派的，在暗部部署的，现在根部整个基地都空旷了起来，很多地方都没有人值守。
“发生了什么事情？”年轻的药师兜穿着长宽黑色兜帽风衣，兜帽盖着他脸部，只露出一个瘦削的下巴，从一条隐秘的密道中走了出来，并没有发现根部有人。
根部的空旷，并不正常。
药师兜隐藏在兜帽下的眼神闪烁出冷冽。
药师兜幼年时因受伤而失忆，被孤儿院院长药师野乃宇收留，视药师野乃宇为母，后来因为团藏要挟野乃宇，于是自愿为野乃宇以及孤儿院去投靠团藏，被团藏利用，作为一个根部忍者活跃。
药师兜从小被团藏当做间谍而游历各国，最后为了解决药师兜和药师野乃宇，安排药师兜与药师野乃宇自相残杀，误杀自己视为母亲的药师野乃宇后，药师兜认为自己失去了生存意义。
与此同时，大蛇丸找到了兜，告诉他一切的真相，邀请药师兜加入自己的音隐村。
成为大蛇丸的手底下的人以后，却又被大蛇丸派到晓组织蝎的手底下当间谍，巧的是药师兜的间谍天资又被蝎看上，在被蝎在头部下了咒印以后，蝎又让药师兜去跟随大蛇丸。
大蛇丸消除了蝎的咒印以后，又让药师兜在和蝎虚以委蛇的与此同时，把兜再次派回了木叶村当上间谍。
根部基地的一切有关的密道和所有设施，都是大蛇丸告诉药师兜的。
药师兜回到来木叶后，隐秘的成为了一名木叶的下忍，为大蛇丸收集着情报。
而前来根部的基地，倒不是要为大蛇丸收集志村团藏的情报，志村团藏的情报大蛇丸比任何人都要知道得多。
而是兜发现根部的基地出现异常，主动过来入侵查探。
“人少了很多！”兜隐藏在阴影之中，几乎是通行无阻的去过空无一人的根部基地训练场所有一些比较重要的办公室场所，就连团藏的办公室，也没有人驻守。