《明史职官志》载：“兵部，尚书一人，左、右侍郎各一人。尚书掌天下武卫官军选授、简练之政令。侍郎佐之”。
然而嘉靖、隆庆之际，南倭北虏交侵，逢边疆多事之秋，边务冗杂难测，兵部此种旧人事编制难以处理繁多冗杂的边疆政务，无法适应复杂的边疆局势。
由此，高拱建议改兵部“一尚书二侍郎”为“一尚书四侍郎”。
“又以时方扰边事，请增置兵部侍郎，以储总督之选。由侍郎而总督，由总督而本兵，中外更番，边才自裕。”
高拱强调兵部尚书之职关系王朝之安危，近二三十年来正逢边疆多事，在此兵部体制下，如果边方总督缺任，则兵部侍郎顶缺，倘若兵部侍郎难以脱身，则会以别部人员代替赴任。
如此往往拆东墙而补西墙，严重限制了兵部职能的有效发挥。
首先，高拱看到当时兵部严重受限于明初的“一尚书二侍郎”局面，侍郎员额太少，左、右侍郎主要协助尚书处理兵部事务，公务繁忙，一旦抽调外差，兵部事务的处理便难以得到保证。
其次，侍郎职责在于协理部事，对边地情况缺乏了解，很难为兵部对边地之事的谋划与决策提供建议。
最后，兵部承担巡阅边务的职责，但由于侍郎太少，临事一般多借调他官，往往因非其职而就其位，不悉边事，影响对边事的有效处理，或因路途遥远不能及时履职，从而贻误事机。
基于以上弊端，高拱向隆庆皇帝提出了具有针对性的改革建议，改兵部编制为“一尚书四侍郎”。